Comemorada no dia 10 de junho, a história conta que em 1498, uma menina muda pastoreava seu rebanho nas colinas de Quintela, nos arredores da cidade de Sernancelhe, no centro-norte de Portugal, quando encontrou uma estátua da Virgem Maria com Jesus Menino na fenda de uma rocha.
A jovem Joana fez da estátua um objeto de devoção pessoal, levando-a de casa, onde fazia roupas para ela, para as colinas, onde a colocava sobre uma rocha, cercava-a de flores e rezava enquanto as ovelhas pastavam.
Sua mãe começou a sentir que a estatua estava distraindo a menina de seus afazeres e um dia a jogou na lareira.
De repente Joana falou, pela primeira vez na vida: “Mãe! É Nossa Senhora da Gruta! O que você está fazendo?”
A garota pegou a imagem não queimada do fogo.
Ela foi curada, mas o braço de sua mãe ficou paralisado.
Depois que ambos oraram, a mãe recuperou o uso do braço.
À medida que a notícia se espalhava pela área, as pessoas começaram a vir para venerar a estátua, e o pároco sugeriu transferi-la para a igreja.
Mas três vezes a imagem desapareceu da igreja, reaparecendo em seu lugar original entre as rochas.
Foi então construída ali uma capela, encerrando o local onde Joana encontrou a estátua.
As pessoas acreditavam que em 982 as freiras que fugiam do conquistador islâmico Almanzor haviam escondido a imagem lá.
Nossa Senhora da Lapa tornou-se um dos principais destinos de peregrinação de Portugal, atraindo a devoção das colônias no Brasil e na Índia, bem como da aristocracia portuguesa.
Em 1575, o Papa Gregório XIII aprovou o pedido do rei D. Sebastião para transferir o santuário para a Companhia de Jesus.
Entre 1610 e 1635, os jesuítas reconstruíram a igreja, decorando o interior com azulejos.
Mais tarde, eles acrescentaram um colégio e moradia para peregrinos, estudantes e para eles próprios.
De 1700 a 1900, o complexo mudou de mãos várias vezes, repetidamente assumido pelo estado e depois devolvido à Igreja.
Desde 1929, pertence à Diocese Católica Romana de Lamego.