Em ação de graças pela reconquista da Espanha pelas forças cristãs em 1492, os católicos de Gibraltar converteram uma mesquita no santuário de Nossa Senhora da Europa.
Sob a torre de um farol, Nossa Senhora presidiu o Estreito, seus navegantes e o continente europeu por mais de dois séculos.
Mas em 1704, os britânicos capturaram Gibraltar e saquearam o santuário.
Eles mutilaram a estátua de madeira da Virgem com o Menino e a jogaram no penhasco.
Um pescador encontrou os pedaços flutuantes e os levou ao padre Juan Romero de Figueroa na igreja da Main Street (atual Catedral Católica de Santa Maria Coroada), que os levou para a Espanha para custódia enquanto a Igreja de Nossa Senhora da Europa servia como uma sala de guarda britânica.
Do outro lado da baía em Algeciras, a Capillita de Europa que abriga a estátua reparada tornou-se um foco de devoção.
Uma réplica foi colocada na catedral de Gibraltar.
Em 1864, o Bispo participou do Concílio Vaticano I, onde despertou o interesse do Papa Pio IX na construção de um novo santuário para Nossa Senhora da Europa.
Dois anos depois, a nova igreja foi concluída.
A estátua original voltou para Gibraltar de Algeciras, onde uma réplica a substituiu.
Mas a ocupação militar durante as duas guerras mundiais deixou o santuário em tão mau estado que em 1960 foi demolido para a construção do Lar dos Idosos.
Em 1961, o governo de Gibraltar devolveu a capela original, a antiga mesquita, à Igreja Católica.
Em 1962, foi reformado e reaberto como Santuário de Nossa Senhora da Europa, onde a estátua foi reinstalada em 17 de outubro de 1961.
Em 1979, o Papa João Paulo II proclamou a Santíssima Virgem Maria Padroeira Principal da diocese de Gibraltar sob este título.